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这种拍摄手法在后世几乎是所有导演都会的，但是在这个时代无疑是这部电影带来的创新。
看完《堤》之后，杰德便开始研究起《十二猴子》的剧本。时空旅行中有中有个著名的悖论就是“祖父悖论”，即时空旅行者到底能不能回到过去杀死自己的祖父。如果时空旅行者杀死了祖父，那他在后世就不会出生，那么他也就没有办法从后世回去杀死自己的祖父。如果这个悖论无法被解释的话，那么所谓的时空旅行也就不可能存在。为了解释这个悖论，科学家提出了许多理论来修正，但目前最被信服的是“平行宇宙理论”。即如果时空旅行者杀死了自己的祖父，那么这个宇宙就出现了偏差，将不是时空旅行者所经历过的那个历史时空，等于以后所有的事情都会发生变化。这个解释虽然很合理，但也让不少人失望。因为不少人的时空旅行动机就是想回到过去，修正某个历史事件，这点倒是很类似后世的所谓穿越小说。但是祖父悖论和平行宇宙理论已经很残忍地说明了，这样的事情不可能发生。实际上除了平行宇宙理论之外，还有一个比较冷门的解释名为“诺维科夫自洽性原则”，他们认为如果时空旅行者回到过去妄图改变历史的话，那么必然导致两个结果中的一个，一是这件事无论如何都无法发生，即在时空旅行者想改变历史事件的时候必然有许多其他事件来阻止他；二是他改变这件事之后，历史会推演出更多的事情来修正这件事，导致历史必然发展下去。简单来说，历史就是一件命中注定的事情，时空旅行者是无法改变最终结果的。而《十二猴子》引用的原理就是“诺维科夫自洽性原则”，在电影中若有若无地宣扬了“宿命论”。
2035年的地球，人类在遭遇了一场可怕的瘟疫之后，只有1%的人类在地底下苟延残喘。为了阻止当年那场瘟疫的发生，囚犯詹姆斯在非自愿的情况下被强迫送到原来的时空里去拯救人类。但是第一次的时空旅行并不顺利，詹姆斯没有来到瘟疫爆发的1996年，而是被送到了1990年。由于詹姆斯在不情愿的情况下来到这个世界，于是就大肆宣传未来世界的一些事情，不出意外的，他被送进了疯人院。在疯人院里，詹姆斯结识了病毒学家的儿子杰弗里。杰弗里事实上也不是个疯子，只是由于他的思想过于激进而被送进了疯人院。出乎人意料的是，杰弗里和詹姆斯成了好友，杰弗里不仅相信詹姆斯所有的话，更是想办法帮助詹姆斯逃出了疯人院。随后，詹姆斯被未来的科学家接了回去。第二次的时空旅行则比第一次要靠谱许多，詹姆斯终于来到了病毒爆发前的费城。根据詹姆斯的调查，他发现一个很重要的问题，他的好友杰弗里仿佛就是病毒事件的元凶。因为杰弗里是一个极端动物保护主义者，因此他对用动物做实验的父亲非常痛恨，因此他计划绑架自己的父亲并释放所有的动物，而詹姆斯则怀疑这些动物就是导致瘟疫大爆发的元凶。可是随着调查的深入，詹姆斯不得不承认一个事实，如果不是自己来到这个时空，那么瘟疫的爆发反而有可能不发生。正是由于自己的阻止，导致整个历史都错乱了，而历史为了修正发展而导致了瘟疫的出现。
杰德合上了剧本，目前看来剧本的问题不大，但是细节上会有些问题，这里需要杰德去联系一些未来学家和相信时空旅行的物理学家及社会学家来修正下剧本的瑕疵。除此之外，对于未来世界的描写将是整部电影的亮点所在。一般来说，在科幻电影里，未来世界已经高度发达，但是在《十二猴子》里，由于病毒的侵袭导致人类文明其实在1996年就土崩瓦解了。杰德忽然想起自己曾经看过的一部纪录片，叫《人类消失后的世界》。在这部纪录片里，人类只是突然消失了，而地球将在人类消失后如何发展就呈现在这部纪录片里。这部纪录片的设定和《十二猴子》有点相似。瘟疫大爆发的速度非常快，人类几乎没有任何反抗就被病毒征服。没有彗星撞地球，也没有超级火山大爆发，更没有大地震大海啸，人类就这样束手就擒了。因此未来世界几乎保留了人类文明的所有产物，只是再也没有人呵护他们了。杰德将这个想法跟卢卡斯说了，希望工业光魔能建立起一整套未来城市的模板。
卢卡斯听完杰德描述之后，也吸了一口冷气，他不是没有幻想过未来的世界，但是如杰德描述的这样反而是他未曾想过的。卢卡斯脑海里已经浮现出了一副纽约城变成大森林的画面，虽然美丽但更具视觉冲击力。没有了人类的世界，无论世界多美丽，人类都是不好受的。“没有问题，我会尽快出一批样图供你挑选。如果你确认好的话，我们就可以建模了。”
现在的卢卡斯越来越满意自己作为特效导演的身份了，反而不再在乎那个导演名头了。现在的工业光魔已经成了业内最好的特效公司，当然这也和杰德贡献的“粒子特效”有重要的关系。现在工业光魔做出的特效几乎可以以假乱真，而且按照杰德的建议，他们还在开发更好的绿幕技术，用杰德话说就是争取未来拍电视剧都在摄影棚里完成就好了。虽然卢卡斯对此嗤之以鼻，不过他也不得不承认正是由于绿幕技术的发展，现在的导演可以拍一些以前根本无法拍摄的镜头现在可以轻松实现，同时对于演员的危险也降低了许多。这一次杰德提出的未来世界描述，卢卡斯确定一旦公布出去定然会征服整个世界。同时卢卡斯也不得不感叹，作为一个导演，自己似乎正在被抛到后面了。
罗伯特考斯伯格也拿着自己选定的角色来找杰德了，当然他也听说了杰德打算找一些专家来润色剧本。不过考斯伯格倒是没有在意杰德找专家的事情，导演有权对剧本的细节进行掌控，毕竟考斯伯格也不希望拍出一部漏洞百出的电影，但是他真没有信心能让杰德接受自己选择的演员。考斯伯格选择的男主角是布鲁斯威利斯，银幕硬汉来出演这个囚犯出身的男主角倒是蛮适合，性格简单粗暴但又有些聪明；男二号杰弗里的演员则是文艺男布拉德皮特。虽然皮特的气质是最符合杰弗里的演员，可是能不能演出那种略带神经质的气质就要看导演的执导功底了。唯一的短板便是女主角凯瑟琳的演员，是由好莱坞的二线演员玛德琳斯托演出。玛德琳虽然有拍摄过一些电影也担任过主角，但是她的作品并没有给人留下特别明显的记忆。虽然考斯伯格有些忐忑，但还是将角色名单交给了杰德。
出乎考斯伯格意料的是，杰德很快就通过了这个角色名单，于是正式拍摄就将在敲定演员的档期之后开始。虽然这次电影设计的城市不少，但大部分的场景都是室内，因此杰德决定采用绿幕来解决外景问题。因为这次拍摄档期有些赶，杰德没有办法安排到实景地去拍摄。当然更重要的是考斯伯格安排的预算非常有限，杰德只好选择在棚内拍摄了。
“action! 《十二只猴子》第一幕第一场戏。”